Der Gänsesäger befindet sich in Bayern in der Ausbreitung. Als Brutvogel kommt der Gänsesäger nur regional vor, seine Vorkommen sind auf das Voralpenland bis an die Donau beschränkt. Gänsesäger brüten meist entlang von Fließgewässern, kommen aber auch an Stillgewässern vor. Vor allem im Winter versammeln sich zahlreiche Gänsesäger, die teilweise aus anderen Regionen nach Bayern ziehen, auf den eisfreien Voralpenseen.